Presidência AnualA Presidência da Conferência é exercida sucessivamente, por cada RUP, por um período de, pelo menos, um ano. Durante a sessão ordinária realizada na região que detém a presidência rotativa, a Conferência indica, de entre os seus membros, o próximo membro da Conferência e decide sobre a duração do seu mandato de acordo com a agenda europeia, nacional e regional.
Não obstante o acima exposto, foi, em 2017, adotado um calendário indicativo de Presidências para os próximos anos:
| CPRUP | ANOS | PRESIDÊNCIA |
| XXI | fevereiro de 2015 – setembro de 2016 | Madeira |
| XXII | setembro 2016 – outubro 2017 | Guiana Francesa |
| XXIII | 2017 / 2018 | Canárias |
| XXIV | 2018 / 2019 | São Martinho |
| XXV | 2019 / 2020 | Maiote |
| XXVI | 2020 / 2021 (Presidência Portuguesa do Conselho de janeiro a junho de 2021) |
Açores |
| XXVII | 2021 / 2022 (Presidência Francês do Conselho de janeiro a junho de 2022) |
Martinica |
| XXVIII | 2022 / 2023 (Presidencia Espanhol del Consejo de julho a dezembro de 2023) |
Canárias |
| XXIX | 2023 / 2024 | Reunião |
| XXX | 2024 / 2025 | Guadalupe |
| XXXI | 2025 / 2026 | Madeira |
Na 27ª Conferência Anual dos Presidentes das Regiões Ultraperiféricas, que teve lugar a 15 e 16 de Novembro de 2022 em Bruxelas, a presidência da Martinica foi transferida para as Canárias, representada pelo seu Presidente, Ángel Víctor TORRES PÉREZ, que desempenhará a presidência da Conferência dos Presidentes das Regiões Ultraperiféricas até Novembro de 2023.
O presidente das RUP que assume a presidência da Conferência, de acordo com o protocolo de cooperação assinado entre eles, exerce as seguintes funções:
Além disso, é responsável por: